Rstudio for Mac
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環境構築
- Rのインストール
※ RStudio requires R 3.0.1+
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- Rstudioのインストール
※ Requires macOS 10.14+ (64-bit)
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Rstudio for Mac.icon*28
分析目的ごとに”プロジェクト”を作成する
Rstudio for Mac.icon 新規作成の場合
File > New Project > New Directory > New Project > Create Project
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* ディレクトリ名はfirstRstudio などを入力
* サブディレクトリはデフォルトでホームが選択されている
~/Documents/Rstudio などにマニュアルで変更
Rstudio for Mac.icon プロジェクトを終了する場合
File > Close Project を選択
Rstudio for Mac.icon 既存のプロジェクトを開く場合
File > Open Project > 拡張子が .Rproj のファイルを選択して開く
基本的な使い方
Rstudio for Mac.icon Console
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Rを使って作業する場所
ここにRのコマンドを入力して実行すると、Rを使った解析ができる
Rstudio for Mac.icon Environment/History
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○ Environmentタブでは、現在定義している変数の一覧が見れる
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変数をクリックすると、右のパネルにViewerが表示される
○ Historyタブでは、Consoleで実行したコマンドの履歴が見れる
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コマンドを選択して、To Console をクリックすると、Console上にそのコマンドが表示される > Enterキーでそのコマンドを実行
Rstudio for Mac.icon File/Plots/Packages/Help
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○ Helpタブで パッケージ・関数の検索や、ヘルプの参照ができる
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* 例として🔍 clustering で検索 > 候補からstats::hclust を選択 すると、
関数の使い方や、引数の意味、他の関数へのリンク、使用例、参考文献(←これすごい) などが表示される
○ Plotsタブではグラフを描く関数を使ったとき、そのグラフが表示される
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*Consoleで plot(1:10) を実行したときの例
グラフを保存する場合は Export をクリックして、保存する形式を選ぶ(Image/PDF/Clipboardにコピー)
○ Fileタブでプロジェクトで使うファイルの管理ができる
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チェックボックスで選択されたファイル名をRenameで変更したり、Deleteで削除できる
パッケージのロード・インストール
Rstudio for Mac.icon ロード・インストールの前に、ミラーサイトを指定しておく
Tools > Global Options > Packages > CPAN mirror: 欄の Changeをクリック
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Japan で始まる候補の中から適当に選択する *ここでは(Tokyo)を選択 > OK
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先程のPackagesの画面に戻って、
Apply > Restart Required に Yes > Saveして再起動
再起動後、Packagesタブでパッケージのロード・インストールができる
(以下に表示されているのは現在インストールされているパッケージ一覧)
https://scrapbox.io/files/62047063802661001e56564b.png
* パッケージを利用するには、ここにチェックを入れてパッケージをロードする必要がある
Rstudio for Mac.icon まだインストールされていないパッケージをインストールするためには、
Install > Install Packages 内の Packages 欄に キーワードを入力 *例:rgl > Install をクリック
→ Consoleがポコポコ動いて指定したパッケージのインストールが始まる
完了後、Packagesタブで「rgl」を検索すると以下のようにヒットする
https://scrapbox.io/files/6204723d4443a60022f23318.png
あとはチェックを入れてロードすると、
Console上に > library(rgl) と表記される(続けてコードが書ける)
コードの作成・実行・保存
Rstudio for Mac.icon 複数のコマンドを1つのファイルにコードとしてまとめて実行
File > New FIle > R script
▼ コードを書く
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カーソルが現在あるソースコード行を実行するには、エディタタブの Run をクリックする
* 実行したら、カーソルが次の行に移動するので、連打で部分的にデバッグしていける
https://scrapbox.io/files/62047677b6654b001d00e683.png
ファイル内のすべてのソースコードを実行するには、エディタタブの Source をクリックする
https://scrapbox.io/files/62047722a4c01d001d1823f0.png
ソースコードを保存するには、File > Save
https://scrapbox.io/files/620477e8dd9478001deb0eaf.png
エディタタブの ✕印 をクリックして、エディタを閉じる/
Fileタブから保存したスクリプト(.Rファイル)をクリックすると、ソースコードが開ける
基本操作は以上
Rstudio for Mac.icon*28
R Graphical Manual
- Rを使って作図した図のサンプルが集まっているサイト
-「論文で見かけたこういう図が描きたい」というイメージがあれば、実際のサンプル図からの逆引きで作図のためのRのコードを調べることができる
Rstudio for Mac.icon ベン図の作り方を探す
検索ボックスで venn diagram を入力する
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中央下の図を利用する場合...
→ DescToolsというパッケージの PlotVenn関数を使用している と読み取る
(自分の環境でDescToolsをインストールする必要がある)
画像をクリックし、PlotVenn関数の使い方やサンプル図が閲覧できるページに遷移。
Examplesの項目をコピる
https://scrapbox.io/files/62049600232a5c00229cdae9.png
自分のRStudioで作図してみる
まず、新規.Rファイルを作成し、
$ install.packages("DescTools")
を入力後、Run(Shift + Enter)で実行し、パッケージのインストールを始める
インストールが完了したら、
$ require(DescTools)
を入力・実行して、先程コピったExamplesのコードをペーストする
ペーストしたコードを1行ずつ順に実行
https://scrapbox.io/files/62049858724bd4001d964ef8.png
最も簡単なサンプルのプロットから実行される
$ PlotVenn(x=list(GroupA, GroupB))
* Plotsタブ内のZoomを押すと別ウィンドウにグラフが表示できて見やすい
Rstudio for Mac.icon 検索結果が多すぎたときの対処例
例として、「遺伝子発現データを階層的クラスタリングし、ヒートマップで描画する関数を探したい」状況とする。
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左側 Classification から BiocViews > Software > Bioinformatics を選択することで絞り込める
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R Graphic Manualについては以上
Rstudio for Mac.icon*28
Rによる分散分析